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立命馆大学的历史学家大卫·阿斯丘(David Askew)指出现代历史学家可以以四种类型的来源为基础计算南京大屠杀的死亡人数。第一种来源是口述历史,但他称其是“研究这一事件最成问题的方法”,这部分归因于中国和日本目击者证词之间的巨大差异。[20]
第二种来源是中国慈善机构的埋葬记录[20]。远东国际军事法庭(IMTFE)称,根据红卍字会和崇善堂的统计,南京陷落后总共有155,300具尸体被埋在南京及周边地区[1],不过很多历史学家现在降低了崇善堂埋葬记录的准确性。因此阿斯丘估计埋在南京及周边的尸体的真实数目为17,500[20],而军事历史学家山本昌弘提出的数字为43,000[28]。相比之下,笠原主要支持IMTFE提出的更大的埋葬估算,但他也承认并非所有崇善堂的数字都可信[29]。笠原与山本也都注意到埋葬记录可能会夸大或低估大屠杀的真实死亡人数。一方面,埋葬的统计数据加入了中国作战人员的伤亡,从而夸大了死亡人数。另一方面,慈善机构未能统计被销毁的尸体,从而低估了死亡人数。[28][30]
第三种来源是日本的军事记录,其中记载着日本军队处决战俘的数量。但阿斯丘指出日军常常夸大这一数字[20]。南京大屠杀的主要研究人员之一、独立作家板仓由明[20][31]分析了日本军队的纪录,并在最终统计结果上乘以0.6以均衡夸大的部分,得出了1.3万至1.9万遇难者的数据[17][32]。虽然秦郁彦也使用了日本军事记录来计算大屠杀的死亡人数,但他并没有像板仓那样考虑夸大的部分[32]。约克大学的历史学家若林正认为日军的记录证明,至少29,240人或者更可能是46,215人在南京遭到日军屠杀[1]。
日本军方的记录是估算日军士兵屠杀中国战俘的数目的重要来源,但屠杀平民的数目更加难以确定。大卫·阿斯丘提出的最后一类来源是数据采样,虽然只开展过一次这样的调查——刘易斯·S·C·史迈斯的“南京地区战争损失”,但它是估计暴行中平民死伤的重要文件[20][33][30]。史迈斯的调查显示,南京城内多达1.2万名平民以及城外农村的26,870人被杀[30]。不过一些历史学家有不同的看法,认为史迈斯的数字低估或夸大了真实的平民死亡人数。笠原断言调查大大低估了死亡人数,部分原因是史迈斯只调查了有人住的房屋,因此跳过了那些房屋完全破坏或无法返回的家庭的住房。相反,北村稔觉得鉴于史迈斯与中国国民政府的关系,他可能将数字有所抬升。[34]
此外,1937年12月南京的总平民人口和防御此城市的中国守军规模被用作计算死亡人数的基础,但这一问题因对这两个数字大不相同的估计而变得复杂[25][35]。例如,笠原十九司声称1937年南京有40-50万平民和15万士兵[36],大卫·阿斯丘则认为有20至25万平民和73,790至81,500名士兵[37][38]。
在笠原最终的分析中,他考察了日军士兵记录的文件与日记,并得出结论至少有8万名中国士兵和战俘,或者可能超过10万被日军屠杀,这是预计的15万总兵力的大多数。笠原指出史迈斯的调查证明南京城内最低限度有1.2万普通市民遭到屠杀,而同时代的其他来源给出的数字为5-10万,南京城外另有至少26,870人被杀。笠原的一般结论是,死亡人数一定已经远超10万,并有可能在20万左右[30]。他给出的更具体的范围是16-17万[39]。
对比之下,秦郁彦还考察了日军的文件,总结出在10万中国兵力中共有3万名中国战俘被屠杀。秦使用了史迈斯有1.2万名平民丧生的数据,但指出也许只有8千人被证实为大屠杀遇难者。秦依据史迈斯南京平民人口只有20至25万的说法,降低了对死亡人数的估计。根据秦认为的被埋在南京及周边的4万具尸体,他估计战俘与平民的总死亡人数在3.8-4.2万人之间。[33]