“文革”爆发后，叶企孙被红卫兵揪斗，关押、抄家、送“黑帮”劳改队改造，勒令他就“熊大缜问题”写书面交代，一度精神失常。1968年，受“吕正操案”牵连，70岁的叶企孙被逮捕，牢狱之灾中身患重病。一年后获释，他开始接受持续数年的隔离审查。
文革的罪魁祸首：毛泽东！罪该万死！