美国联邦航空管理局（FAA）强制要求全美最繁忙的机场减少航班数量，比例从原来的标准提高到了6%，这使得各家航空公司被迫取消了数百个航班。
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截至周二下午，拉瓜迪亚机场（LaGuardia）已报告61个航班取消，纽瓦克机场（Newark Airport）报告28个航班取消，约翰-F-肯尼迪国际机场（JFK）则有22个航班被取消。 目前，全美40个机场的航空公司正在执行FAA的指令，将航班削减数量从4%提升至6%，以确保在空管人员严重不足的情况下仍能安全运行。
面对由此造成的出行混乱，许多航空公司已向受影响旅客提供旅行豁免政策（允许旅客免费更改或取消机票）。例如，美国航空（American Airlines）表示，仅在周二和周三两天，其在全美范围内已有200个航班被取消。 美国交通部长肖恩·达菲（Sean Duffy）在退伍军人节当天会见了空中交通管制员，并表示即使政府停摆问题得到解决，他可能也不会立即解除航班削减措施，而是要等到空管人员配置恢复到更充足水平之后才会考虑调整。 达菲表示：“我担心的是，即便达成协议，管制员们也不会在第一天就立刻回到塔台工作。我已经要求他们这样做，川普总统也已提出同样请求。这是他们的工作，他们也会获得报酬，但他们可能不会立即返岗。” 与此同时，参议院已于周一通过了一项法案，旨在结束政府停摆。这项短期拨款法案将为联邦政府提供资金直至1月30日，相关投票最早可能于周三进行。