台湾学者郑村棋称：马英九身为台独分子眼中的统派，任内却提出“不统，不独，不武”。大家往往只注意到后两点，却忽视了实际上第一点“不统”才是最为阴损。马浪费了执政八年的宝贵时间，沿袭了李陈二任的去中国化教育，放任了台独势力坐大，辜负了统派的期许，致成今日之局面。若他当初能无惧独派反对，推动两岸和平进程谈判，商定统一方案和时间表，当能青史留名，成为改变历史进程的风云人物。而不是现在这种说着囫囵漂亮话，两头都想拿好处的投机政客。

马英九其实是台独的保护伞